Am 7. Juli 754 rastete der Leichenzug des Hl. Bonifatius zum letzten Mal auf dem Weg von Mainz nach Fulda dem späteren Guntherskirchen. Im 8. Jahrhundert war hier der Kreuzungspunkt der alten Handelswege Antsantvia und Ortesweg. Am 19. Dezember 1012 schenkte König Heinrich II. das Waldgebiet „Zundernhard“ (Zunderhart) dem Kloster Fulda in dem das Gebiet lag. Im Jahr 1235 wird „Gunther von Gunterskirchen“ als Zeuge für einer auf die Fürsprache der Hl. Elisabeth geschehene Heilung in Marburg genannt.

Im Jahr 1348, als der Benediktinermönch „Hermann von Hammelburg“ vom Kloster Johannesberg die Kapelle im Ende des 13. Jahrhunderts zerstörten und aufgegebenen „in loco, qui olim vocabatur Guntherskirche“ „Guntherskirche“ (Wüstung) errichtete, wurde sie erstmals in einer Urkunde erwähnt. Mit dem 7. Juli 1348 ist die Urkunde datiert in der Benediktinermönch als Erbauer der Kirche „S. Cruz.“ genannt wird. Zu Ehren der heiligsten Gottesmutter Maria, des hl. Benedikt, der hl. Katharina und aller Heiligen sollte sie geweiht werden.

Die Gründung der Kapelle wurde von dem damaligen Fuldaer Fürstabt Heinrich VI. von Hohenberg 1315–1353 bestätigt. Mit der Bestätigung erhielt sie Ländereien aus der Umgebung. An der neuen Kapelle bildete sich ein Hof.

Lage von Kleinheiligkreuz (S. Cru.) zwischen Giesel (Geisen) und Kleinlüder (Clein Lijder) auf einer Karte des Hochstifts Fulda von 1574

Am 7. Februar 1441 erwirkt Propst Arnold vom Kloster Johannesberg einen Ablass zur Erneuerung der Kapelle. Bereits 17 Jahre später in 1458 erwirkte wiederum Propst Arnold einen weiteren Ablass und gleichzeitig wird ihm die Verantwortung für die Kapelle übertragen. Die Kapelle und die Einsiedelei waren in den Besitz des Klosters St. Andreas in Neuenberg übergegangen. Im Jahr 1507 erhielt die Kapelle unter dem Fürstabt Johann II. von Henneberg-Schleusingen (1472–1513) einen Altar. Am 10. April 1507 weihte der Mainzer Weihbischof Johannes Bonemilch (1434–1510) aus Erfurt die erweiterte Kapelle zu Ehren der hl. Gottesmutter. 1574 in der Zeit des Fürstabtes Balthasar von Dernbach (1570–1606) erscheint Kleinheiligkreuz unter „S. Cru.“ an der „Kalten Lüder“ erstmals in einer Karte des Hochstifts Fulda. 1594 zählt die Wallfahrtskirche zur Pfarrei Haimbach.

Während der Reformation und des Dreißigjährigen Krieges kam die Kapelle und die Wallfahrten herunter und gerieten in Vergessenheit. 1655 erwirkte auf Veranlassung des Neuenberger Propstes Matthias Benedikt (Benedictus) von Rindtorff (Rindorff) bei Papst Alexander VII. (1655–1667) einen Ablass für die Kirche. Daraufhin verstärkten sich wieder die Zahlen der Pilger und der Wallfahrten.

Familie Wehner
Erbeingesessen seit 1702

Johannes Wehner * 25.03.1672 in Besges
Dorothea Klingenberger * 19.02.1683 in Kl. Hl. Kreuz
geheiratet Mai 1701

Hans Adam Wehner * 25.09.1702

Johann Franz Wehner
Johannes Adam Wehner * 10.04.1748
Johannes Wehner * 16.07.1778
Johannes Adam Wehner * 11.05.1813
Johann Georg Wehner * 28.02.1818
Adalbert Wehner * 30.04.1861
Josef Wehner * 24.11.1903
Ernst Wehner * 12.03.1935
Jürgen Wehner * 09.04.1972